Elmi-tədqiqat şöbəsinin əsas vəzifəsi AzMİU-da elmi-pedaqoji kadrların hazırlanması, elmi-tədqiqat işlərinin planlaşdırılması, koordinasiyası, yerinə yetirilməsi və onlara nəzarət,  həmçinin elmi-tədqiqatların nəticələrinin istehsalata və tədris prosesinə tətbiq edilməsi, AzMİU-da xarici ölkələrlə elmi texniki əməkdaşlığın inkişaf etdirilməsidir.
Elmi-tətqiqat şöbəsinin  (ETŞ) prioritet vəzifələrindən biri beynəlxalq və respublika səviyyəli konfrans və simpoziumların təşkili və keçirilməsi, patent-lisenziya fəaliyyətinin koordinasiyası, patent və ixtiraların beynəlxalq status alması, elmi informasiyanın yayılması, elmi nəşrlərin nüfuzlu jurnallar səviyyəsinə çatdırılmasıdır.  
  ETŞ-nin daha bir vəzifəsi AzMİU-nun kafedralarında və elmi-tədqiqat laboratoriyalarında aparılan elmi-tədqiqat işlərini koordinasiya etmək və onlara aşağıda göstərilən istiqamətlərdə yardım göstərməkdir:
  • Elm və təhsilin inkişafında maraqlı olan fondlardan yeni layihələrin həyata keçirilməsinə qrant ayrılması məqsədi ilə AzMİU-da aparılan elmi-tədqiqat işləri barədə məlumatlar bazasını yaratmaq;
  • Birgə layihə məqsədi ilə xarici və yerli elmi mərkəzlər və şirkətlər ilə əlaqələri yaradıb, informasiya mübadiləsini təşkil etmək;
  • Elmi layihələrin həyata keçirilməsində maraqlı olan sponsorları tapıb, onları maddi dəstək verməyə cəlb etmək.
ETŞ-nin  qarşısında qoyulan əsas məsələlər aşağıdakılardır:
  • fundamental  və axtarış tədqiqatların prinsipcə yeni texnika, texnologiya və materialların işlənib hazırlanması sahələrinin üstün istiqamətlərinin inkişafı;
  • memarlıq, inşaat və digər elm sahələrinin inkişafının əsas problemlərini həll etmək məqsədilə universitetin elmi potensialından səmərəli istifadə edilməsi;
  • elmi tədqiqatların nəticələrinin istehsalata və tədris prosesinə tətbiq edilməsi;
  • yüksək ixtisaslı elmi və elmi-pedaqoji kadrların hazırlanması, yenidən hazırlanması və mütəxəssislərin ixtisasartırılmasının təmin edilməsi;
  • elmi nəticələrin istehsalatda istifadə edilməsinin genişləndirilməsi məqsədi ilə tikinti komleksinin müxtəlif sahələri ilə elmi-texniki əməkdaşlığın perspektiv formalarının inkişaf etdirilməsi;
  • AzMİU-nun elmi potensialının formalaşdırılması məqsədilə xarici ölkələrdə yüksək ixtisaslı elmi mütəxəssislərin hazırlanması;
  •  Universitetdə əqli fəaliyyət nəticələrinin kommersiyalaşdı