Universitetin Elmi Şurası
 
        Universitetə ümumi rəhbərlik prof. G.H.Məmmədovanın başçılıq etdiyi Elmi Şura tərəfindən həyata keçirilir. Elmi Şuranın tərkibinə rektor, prorektorlar, elmi katib, dekanlar,  şöbə müdirləri,  həmkarlar və tələbə təşkilatlarının nümayəndələri  daxildir. Elmi Şuranın digər üzvləri hər bir fakültənin professor- müəllim heyətinin və elmi işçilərinin ümumi iclasında gizli səsvermə yolu ilə seçilir.
          Elmi Şura AzMİU-nun Nizamnaməsini qəbul edir, onda əlavələr və dəyişikliklər aparır.  Tədris, elmi və tərbiyə işlərinin bütün məsələləri üzrə Elmi şuranın qərarları açıq səsvermədə sadə səs çoxluğu ilə, professor və dosent elmi adlarının verilməsi isə müəyyən olunmuş qaydada gizli səsvermə yolu ilə qəbul edilir.
            Elmi Şurada  universitetin inkişaf proqramı təsdiq edilir, hər il universitetin fəaliyyəti barəsində rektorun hesabatı dinlənilir. Vaxtaşırı prorektorların rəhbərlik etdikləri struktur bölmələrinin fəaliyyəti barədə, dekanların tədris, elmi-tədqiqat və tərbiyə işləri haqqında hesabatları dinlənilir və  universitetin fəaliyyəti  ilə bağlı digər məsələlərə baxılır.