Universitetin, AMEA – nın Elmi İnnovasiyalar Mərkəzi ilə sıx əlaqəsi mövcuddur. Belə ki, elmi – tədqiqat işlərinin nəticələri hər il bu mərkəzə təqdim edilərək qeydiyyatdan keçir. Onların təşkil etdikləri elmi konfrans və seminarlarda əməkdaşlarımız fəal iştirak edirlər. AzMİU-nun, AMEA-nın «Fizika», «Mexanika - riyaziyyat», «Kimya», «Memarlıq və İncəsənət», «Kibernetika» və digər institutları ilə sıx əlaqələri vardır. AMEA-nın institutlarında yerinə yetirilən doktorluq və fəlsəfə doktorluğu dissertasiyalarına universitetimizin kafedraları aparıcı təşkilat kimi təsdiq olunurlar.

         AzMİU-da yerinə yetirilən dissertasiya və elmi – tədqiqat işlərinin mövzuları AMEA-nın müvafiq problem şuralarına qeydiyyata düşmək üçün təqdim olunur.

         AMEA ilə TUBİTAK arasında əməkdaşlıqdan faydalanaraq bu proqramda alimlərimizin iştirakı təmin edilir.